Você pode verificar seus pacotes (um pouco) com debsums
sudo apt install debsums
Então
sudo debsums
Por padrão, ele ignora os arquivos de configuração, para incluí-los
sudo debsums -a
Para mostrar apenas erros, use o sinalizador -s
sudo debsums -as
Para detalhes e opções adicionais veja man debsums
link
If you are looking for an integrity checker that can run from safe
media, do integrity checks on checksum databases and can be easily
configured to run periodically to warn the admin of changes see other
tools such as: aide, integrit, samhain, or tripwire.
Essas ferramentas (aide, integrit, samhain ou tripwire) devem ser instaladas / inicializadas em um sistema novo instalado / conhecido e, de preferência, executadas a partir de uma mídia ativa, pois as ferramentas de craqueamento podem derrotar essas ferramentas em um sistema trincado.