Como o Totem funciona, é quase certamente devido aos diferentes mecanismos de codec em uso. Totem e GNOME em geral usam gstreamer. O Amarok e o KDE em geral usam o phonon, que por sua vez usa o mecanismo xine codec por padrão no Ubuntu, embora também possa usar o gstreamer.
Veja a página wiki do Amarok sobre phonon .
Parece que as coisas podem funcionar para você se você instalar o phonon-backend-gstreamer e mudar para por padrão (configure via Configurações - > Configure o Amarok - > Reprodução - > Configuração do sistema de som - > Backend). Não tenho certeza se isso não regredirá a reprodução de áudio de novas maneiras.