No modo UEFI, o instalador instalará o gerenciador de inicialização na unidade interna, o que você especificar.
Sugiro que evite isso: remova (ou desconecte) a unidade interna antes de iniciar a instalação . Em seguida, o sistema considerará a unidade de destino (o pendrive USB) como a unidade 'interna' e instalará o carregador de inicialização (a partição EFI com seus arquivos) onde você desejar.
Após a instalação, desligue e insira (conecte) a unidade interna novamente.
Caso contrário, você pode identificar e copiar os arquivos relevantes da unidade interna para uma partição EFI no pendrive USB, mas é mais difícil.
Veja também este link e links dele,
askubuntu.com/questions/912254/bootable-ubuntu-usb -with-custom-kernel / 912280 # 912280