Eu responderei a você em um esforço para esclarecer sua confusão.
Você pode fazer um USB inicializável. Basta instalar o Ubuntu no pen drive. Depois de ter esse disco inicializável, você pode reparticionar, redimensionar e fazer as mesmas alterações na unidade USB da mesma maneira que faz no disco rígido do sistema comum.
Esta unidade inicializável que você criou pode ser clonada em um ISO, assim como seu disco rígido interno regular pode ser clonado para um ISO. Você usa o comando dd
em sua pergunta para fazer cópias deste ISO em outras unidades. Depois de fazer cópias, você também pode editar e modificar as partições conforme indicado para o seu critério.
O que você não pode fazer é ISO de um instalador de CDROM, ou usar um instalador do LiveUSB ISO (que é construído usando o mesmo algoritmo básico de um DVD, mas em um pendrive USB) como sua unidade clonada. Como você vê nos detalhes que sua experiência incluiu na sua pergunta, a unidade seria corrompida (na medida em que seria capaz de inicializar) se você fizer alterações na partição.
Embora isso não seja o que você está procurando, um design específico e deliberado foi feito para criar uma versão de instalação (chamada de usb persistente) para superar o design e a intenção limitados do instalador do SO.
Um instalador do ubuntu com a capacidade de modificar as partições da mídia não existe no momento. Se existisse, alguém postaria a fonte como uma resposta ou apontaria para a solução.
Você poderia, alternativamente, embora isso possa exigir muito trabalho, criar seu próprio instalador e adicioná-lo ao seu próprio pendrive do Ubuntu. É discutido aqui: Instale a partir do Linux existente
Este é um método alternativo de criar seu próprio LiveUSB para seu Pendrive:
Installation / FromLinux
Eu não tentei criar este ambiente. Então não posso comentar se a tarefa seria fácil. Eu estou apenas tentando fornecer a você o que estaria envolvido se você está tentando ter um Pendrive que possa ser usado como um instalador e também ter partições editáveis.