O exfat é proprietário e os drivers para ele não são instalados no Ubuntu por padrão, mas podem ser instalados.
sudo apt-get install exfat-utils
em seguida, reinicie-o e tente novamente, se ainda não conseguir usá-lo, digite
lspci -v
e copie o resultado de volta aqui, você pode precisar de um driver para o leitor funcionar corretamente também.