Você pode usar o comando "Localizar" dentro do diretório em que deseja pesquisar:
find -iname *.exe
O parâmetro -iname diz ao programa para pesquisar por nome de arquivo usando a insensibilidade a maiúsculas e minúsculas. Para mais informações sobre este comando, você pode usar o seguinte, que mostrará a página de manual para encontrar:
man find
O anterior é o que eu uso, mas há também um bom artigo aqui que mostra muitas outras maneiras de encontrar arquivos, incluindo formas gráficas.