Você não vai prejudicar seus sistemas Ubuntu ou Windows trocando unidades, além do fato de que você vai lidar com as unidades muito mais do que elas precisam, e se elas são unidades mecânicas , ao contrário dos drives de estado sólido, eles provavelmente se desgastarão muito mais rápido. Você pode carregar os dois sistemas operacionais no mesmo disco rígido, se essa for a única razão pela qual você deseja trocar de unidade. Isso é chamado de inicialização dupla.
Para conseguir isso é extremamente fácil, você vai querer instalar o seu sistema operacional Windows primeiro (devido à tendência do Registro de inicialização do Windows de sobrescrever o Grub). Depois de instalar o Windows, você pode abrir o gerenciador de disco e redimensionar o disco para permitir pelo menos 50GiB de espaço "não alocado". Quando isso estiver concluído, reinicie o computador e inicie no Ubuntu. Clique em "Instalar o Ubuntu" e siga as instruções para configuração. Quando solicitado a instalar o disco, certifique-se de selecionar "Maior espaço livre contíguo". Isso garantirá que o Ubuntu se instale no espaço "não alocado" que você criou usando o gerenciador de discos do Windows. Ao instalar o Grub, o Ubuntu deve detectar seu sistema operacional Windows e exibir essas informações. Vá em frente e instale o Grub, quando você iniciar, haverá uma opção no Grub para inicializar o Windows. Complete as instruções de instalação e viola! Agora você tem um sistema dual bootable com o Windows e o Ubuntu.