O pacote xul-ext-ublock-origin no repositório é para o navegador "Firefox" (também "thunderbird" ou "Seamonky"):
$ apt-cache show xul-ext-ublock-origin | grep -i depends
Depends: firefox (>= 24.0) | thunderbird (>= 31.0) | seamonkey (>= 2.21)
Então você deve compará-lo com ublock-origin , não há diferença na minha opinião, exceto quando você instala o pacote, ele estará disponível em todo o sistema para todos os usuários.
A outra coisa que você deve prestar atenção é a versão do add-on, no repositório do Ubuntu é entre 1.6.6 a 1.10.4 no entanto, a última versão é 1.12.4.
$ rmadison xul-ext-ublock-origin
xul-ext-ublock-origin | 1.6.6+dfsg-1 | xenial/universe | all
xul-ext-ublock-origin | 1.9.10+dfsg-2 | yakkety/universe | all
xul-ext-ublock-origin | 1.10.4+dfsg-1 | zesty/universe | all
xul-ext-ublock-origin | 1.10.4+dfsg-1 | artful/universe | all
pode não ser uma causa muito importante após a primeira execução, será atualizada para a última versão.
E o outro que você mencionou é apenas uma porta da mesma coisa para o navegador Chrome.