Eu quero limpar meu computador e reinstalar o Ubuntu desde o início. Eu tenho meus arquivos copiados para o Google Drive e, embora eu não tenha um pen drive ou DVDs, tenho um WD Passport. Não me importo de perder os arquivos no Passport, mas ainda quero que ele tenha a estrutura básica de um WD Passport em vez de apenas algum disco externo genérico, se isso fizer algum sentido. Não tenho certeza se usar o criador de disco de inicialização do meu Ubuntu atual irá danificar o Passport de alguma forma. Eu apreciaria qualquer conselho, ou apenas uma garantia de que, usando o criador de disco de inicialização, o Passport será basicamente inalterado.
Estou operando no Ubuntu 16.04, sem partição, sem ter certeza se alguma outra especificação é relevante para essa questão. Quando eu conecto o passaporte, funciona muito bem, até onde eu sei.
Para responder à sua pergunta atual: Sim, você perderá todos os seus dados, a mídia de instalação precisa ser formatada!
Normalmente, uma unidade flash USB é usada para instalar o sistema operacional.
No seu caso, se os dados desse WD Passport não forem importantes para você, você poderá usá-lo como uma "mídia de instalação".
Limpar dados não danificará a unidade. Depois de concluir a instalação, você pode reformatar o seu WD Passport e usá-lo como antes.