A mensagem "X not upgraded" é exibida quando você instala um ou mais pacotes enquanto as atualizações estão disponíveis, mas opta por não instalar os upgrades ou quando opta por não instalar algumas atualizações disponíveis durante a instalação de outras. Não faz mal, como tal, é apenas para informar que existem atualizações que você ainda não instalou.
No seu caso, apt-get upgrade -f não é um comando para instalar atualizações; ele exibe apenas aqueles que estão disponíveis - o equivalente a desmarcar todas as atualizações disponíveis em um gerenciador de pacotes e, em seguida, pressionar "Aplicar". Se você executar sudo apt-get upgrade , você dirá ao apt para realmente instalar todas as atualizações disponíveis (e suas dependências, se houver novas).