Faça um zip. Quando você entra no diretório descompactado você pode fazer
zip -r ../{filename}.odt
onde {nome do arquivo} é o nome que você quer que ele seja e ele irá recriar o seu .odt; espero que com um tamanho menor.
Comentário extra:
O arquivo "mimetype" deve ser o primeiro no arquivo (embora o OO não se importe com isso, outro software pode). Você pode forçar isso fazendo
zip -r ../{filename}.odt mimetype .