Você executou git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim com sudo . Isso coloca o Vundle em /root/ . Você precisa seguir as instruções para o Vundle e emitir o comando corretamente:
git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim