Você executou git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim
com sudo
. Isso coloca o Vundle em /root/
. Você precisa seguir as instruções para o Vundle e emitir o comando corretamente:
git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim