Você deve fornecer um caminho não ambíguo para o arquivo - caso contrário, o sistema só pode assumir que está no diretório atual .
Como você usou cd para retornar ao seu diretório inicial, isso seria
cp -r Desktop/Classes/NOS110/Handouts/file3.txt Desktop/
O -r é necessário, pois apesar de seu nome, file3.txt é um diretório (você o criou usando mkdir - talvez você devesse ter usado touch ?)