Apenas uma reinstalação simples funcionou.
sudo apt purge mongodb-org*
sudo rm -r /var/log/mongodb
sudo rm -r /var/lib/mongodb
sudo apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv EA312927
echo "deb http://repo.mongodb.org/apt/ubuntu xenial/mongodb-org/3.2 multiverse" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-3.2.list
sudo apt update
sudo apt-get install -y mongodb-org
e verifique novamente o arquivo de configuração:
sudo nano /etc/systemd/system/mongodb.service
cole isto:
[Unit]
Description=High-performance, schema-free document-oriented >database
After=network.target
[Service]
User=mongodb
ExecStart=/usr/bin/mongod --quiet --config /etc/mongod.conf
[Install]
WantedBy=multi-user.target
finalmente
sudo systemctl start mongodb
sudo systemctl enable mongodb
também acho que mudei as permissões do arquivo de log para 777