Sim, todos os tipos de Ubuntu compartilham o mesmo repositório.
Você pode instalar qualquer aplicativo para qualquer sabor, mas se algum aplicativo exigir algumas bibliotecas específicas de DE, elas também serão instaladas.
Por exemplo, se você instalar k3b
em um sistema que não seja o kde, o apt irá extrair muitos pacotes relacionados ao KDE.
Versões de aplicativos não dependem de um sabor.