O comando at terminará assim que você criar o trabalho "at". O trabalho é iniciado pelo at daemon (atd), que você não quer matar ou não vai gerar mais nada.
Você realmente quer matar o processo bash executando $ thisFile (procure por bash $ thisFile na saída do ps)
Você também pode modificar o script para incluir seu PID na mensagem que envia: notify-send "$$: word"
, para saber qual processo deve ser eliminado imediatamente