Bem, no passado, a criptografia do sistema teria um strong impacto no desempenho, já que todas as operações de E / S e processamento precisavam ser feitas entre criptografia e leitura / gravação no disco. Mas desde algumas versões atrás, o impacto no desempenho é inferior a 5%. Eu seria até tão ousada a ponto de dizer que é menos de 1% já que, com alguns testados, o desempenho de vídeo, copiar / colar, benchmark de hdd e velocidade de inicialização eram quase os mesmos.
E como você está usando o Ubuntu 12.10, a penalidade de desempenho é ainda menor.
Aqui está um link do Desempenho no Ubuntu 11.10 com e sem criptografia
E aqui está um ponto de referência muito antigo sobre a aparência deles em 9.10
Como você pode ver, o desempenho subiu desde 11,10 e você está usando 12,10, então o desempenho é basicamente o mesmo. Fiquei realmente espantado com a forma como estava a correr quando testei pela primeira vez em 12.04.