Até onde eu sei, os pacotes pandoc-citeproc e pandoc fornecem o mesmo software (conceitualmente), mas são empacotados e distribuídos por pessoas não relacionadas, para que não se conheçam. É por isso que eles têm conteúdo conflitante, mas não possuem os sinalizadores Conflicts ou Replaces que normalmente deveriam ter nesse caso.
Para resolver o problema, você precisa remover o pacote pandoc-citeproc antes de instalar o pacote pandoc .