UPDATE 2018 : agora é possível via "snap set" . Por exemplo:
$ snap set nextcloud ports.http=81 ports.https=444
Resposta original abaixo:
Receio que isso não seja possível no momento. No entanto, o snapd logo apresentará alguns recursos que permitem que esses snaps sejam configurados de maneira padrão. Ainda um pouco fora, mas logo você poderá fazer algo como o seguinte:
$ snap set nextcloud listen=127.0.0.1 http-port=12345
Também vale ressaltar que o HTTPS é muito alto na lista de recursos desejada para o snap Nextcloud, e será adicionado em breve. É tudo o que você está querendo, ou você ainda quer colocá-lo atrás de um proxy?