A versão desktop vem com uma GUI normal, incluindo aplicativos padrão gráficos.
A versão do servidor tem sem interface gráfica , mas só é acessível através da linha de comando. Ele vem com alguns pacotes de servidores pré-instalados.
A menos que você esteja familiarizado com a linha de comando do Ubuntu e tenha uma razão para não usar um desktop gráfico, não há razão para o usuário comum obter a versão do servidor Ubuntu.