Um arquivo incorreto nessa verificação significa que o download foi ruim (provavelmente este é o motivo) ou que o pendrive é ruim (possível, mas não provável). Eu usei o Win32DiskImager, e considerando a maneira como ele funciona, eu acho que é muito confiável.
Por isso, sugiro que você marque o md5sum versus o valor em UbuntuHashes , baixe o arquivo iso novamente e verifique o md5sum mais uma vez. Se você puder usar o método torrent , provavelmente será melhor ter sucesso, porque a soma de verificação é testada durante o processo de torrent.
Veja o link a seguir para mais detalhes: Win32DiskImager / iso2usb para várias etapas do processo, incluindo como verificar o md5sum no Windows.
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Editar:
Também é possível que o próprio arquivo iso seja ruim. De qualquer forma, você não deve usar a versão 16.04 LTS agora. Você deve usar a versão 16.04.1 LTS , a primeira versão pontual, que é depurada, polida e melhorada.