O problema aqui sudo python myFile.py >> log.txt é que você executa sudo python myFile.py como root, mas seu shell ainda está sendo executado como seu usuário comum, o que significa que o redirecionamento >> não funcionará se você não tiver permissão para gravar o log.txt
Como George observou corretamente, você deve fazer sudo bash -c "python myFile.py >> log.txt" . Como alternativa, se o seu myFile.py não exigir privilégios de root, você poderá fazer python myFile.py | sudo tee log.txt