Você quer isso:
find ~ -iname '*.conf' | wc -l
Substitua ~ pelo diretório dentro do qual contará os arquivos *.conf (recursivamente).
O comando find procura arquivos com nomes correspondentes ao padrão de globificação sem distinção entre maiúsculas e minúsculas *.conf inside ~ recursivamente. Imprime cada nome de arquivo resultante em uma única linha.
wc -l conta o número de linhas de sua entrada.