A desativação total do IPv6 está ficando cada vez mais difícil nos dias de hoje. Em muitos sistemas operacionais e para muitas aplicações, é um componente crucial agora. Se você realmente quiser remover todos os traços do IPv6, sua única opção será recompilar muitos softwares com opções diferentes.
Acho que a melhor opção Na maioria dos casos, é deixá-lo ativado e configurar seu firewall para bloquear o tráfego indesejado. Dessa forma, o software pode continuar a usar. Eu uso soquetes IPv6 (que no Linux e em outros sistemas operacionais também suportam conexões IPv4 de entrada) enquanto seu sistema está protegido contra tráfego indesejado.
É claro que a melhor alternativa depende do motivo pelo qual você deseja desabilitar o IPv6. A resposta acima não ajudará se seu objetivo for reduzir o uso de memória ou algo assim.