Sim, certamente não é um caso de uso normal :-) Há algumas maneiras de fazer as coisas. O que os desenvolvedores do Chrome fizeram foi criar a barra de menu, mas deixá-la oculta, ela é escolhida pelo appmenu-gtk, mas não é mostrada.
Outra opção é procurar apenas a variável de ambiente UBUNTU_MENUPROXY
. Se estiver definido, você poderá criar a barra de menus, caso contrário, não a construa.
Espero que ajude,