.conf arquivos são arquivos de configuração e eles geralmente não devem ser executados como arquivos binários, nem ninguém diz que você deve fazer isso no link que você forneceu.
Dando uma olhada no código do programa que você está executando, minha melhor aposta seria executar o programa como de costume, mas com o arquivo conf como argumento.
Por exemplo:
python subreddit.py reddit-job-update_popular_subreddits.conf