Eu provavelmente estruturaria algo assim:
filelist="list.txt"
srcdir="/opt/home/first.last/Runs/clientPDFs"
dstdir="$HOME"
if [ -r "$filelist" ]; then
sed 's/\r$//' "$filelist" | xargs -I{} cp -t "$dstdir"/ -- "$srcdir"/{}.pdf
else
cp -t "$dstdir"/ -- "$srcdir"/*.pdf
fi
Você pode adicionar a extensão pdf dentro do comando sed, se preferir, por exemplo
sed 's/\r$/.pdf/' "$filelist" | xargs -I{} cp -t "$dstdir" -- "$srcdir"/{}