As permissões no seu diretório $ HOME estão incorretas. Você pode corrigi-lo digitando chmod u+w $HOME .
Observe que os arquivos e diretórios que você criou usando sudo provavelmente pertencem ao root agora, portanto, você precisará corrigir a propriedade deles. Você pode fazer isso usando sudo chown logandark.logandark <file or directory name> .
EDIT: Para alterar a propriedade de forma recursiva, adicione a opção -R a chown , como chown -R logandark.logandark .git . Tenha muito cuidado ao fazer coisas recursivamente.