Se você tivesse (partes de) uma instalação Java em /usr/share/java* , isso significa que você instalou o Java através do gerenciador de pacotes. Existem alguns pacotes Java independentes disponíveis no Ubuntu e eu não sei qual (is) você instalou porque você não nos diz. No entanto, você pode reinstalar qualquer pacote com
sudo apt install --reinstall <PACKAGE...>
para restaurar arquivos ausentes ou corrompidos.
Você pode descobrir quais arquivos de todos os pacotes instalados devem residir em /usr/share/java e seus respectivos pacotes com:
dpkg-query -S /usr/share/java
Você pode até usar o resultado desse comando para instalar todos os pacotes listados imediatamente:
dpkg-query -S /usr/share/java | sed -e 's/:.*$//;s/, /\n/g' | xargs -rd '\n' -- sudo apt install --reinstall