Consegui contornar esse problema usando o pacote "blueman" para emparelhar o teclado.
Eu continuo falhando com o bluetooth. Rato poderoso, em seguida, novamente emparelhado.
Sistema: Ubuntu 16.04 64 bit
Equipamento: Macbook Air 2013-mid
Teclado: Apple Wireless Keyboard 3ª geração
Consegui contornar esse problema usando o pacote "blueman" para emparelhar o teclado.