Meu palpite é que, durante o processo de login, o Unity tenta configurar a tela sozinho, o que pode ser uma das coisas que quebra. Se a sua tela de login não exigir configuração e for necessária apenas para a sessão Unity, você consideraria adicionar esse comando aos aplicativos de inicialização para que ele seja executado automaticamente após o login. Dessa forma, a unidade aplica suas mudanças, mas depois você as substitui com seu próprio comando.
O que eu também recomendaria é usar uma versão modificada do seu comando:
bash -c 'sleep 3 && xrandr --fb 7040x2160 --output DP1 --mode 1920x1080 --pos 0x0 --scale 2x2 --output eDP1 --mode 3200x1800 --pos 3840x180 --scale 1x1'
Dessa forma, há um atraso suficiente para o Unity aplicar suas alterações e, em seguida, você executa o seu próprio