Dê uma olhada em Phatch . Parece que hoje em dia é praticamente abandonado, o último lançamento foi em 2010, mas eu tenho usado ele provavelmente por tanto tempo e facilita muito a edição em lote. Está nos repositórios do Ubuntu, então você pode instalá-lo facilmente no Centro de Software ou no Synaptic (ou com sudo apt-get install phatch ). Infelizmente, o site parece estar desativado no momento, então a documentação também está inativa - mas tenho certeza que você pode descobrir pressionando os botões. ; -)
Para adicionar sua própria marca d'água à opção Phatch, salve-a como PNG em ~/.local/share/phatch/watermarks . Se você já tiver o Phatch aberto ao copiar a imagem da marca d'água, será necessário fechá-lo e abri-lo novamente.
Em seguida, adicione a ação "Marca d'água" no Phatch e selecione seu arquivo de imagem. Em seguida, adicione uma ação "Salvar" e execute a lista de ações em seus arquivos.