Não sei ao certo o que você está perguntando e por quê.
O processo para construir uma caixa do Ubuntu, ou qualquer outra caixa, é todo o código aberto público. Crie uma VM, instale um sistema operacional, configure-o para o Vagrant, empacote-o e distribua-o. Os caras da HashiCorp não poderiam ter feito nada diferente do que o resto de nós. Eles poderiam ter instalado pacotes adicionais (além daqueles instalados automaticamente ao instalar um Ubuntu limpo e fresco e os necessários para interagir com o Vagrant). Eles poderiam ter usado o sistema de provisionamento do Vagrant para atualizar a caixa, após o qual eles foram reempacotados e redistribuídos. Ou eles usaram Packer. De qualquer maneira, automatizar coisas como essa é o negócio principal da HahiCorp, suponho.
Talvez confira o Atlas ( link ) e a conta do Mitchell Hashimoto no GitHub para mais informações sobre como o Vagrant é usado.