O novo ponto de montagem está sombreando o caminho antigo, tornando-o invisível, mas ainda presente no disco. O que você precisa fazer é desmontar / home / user / mydata:
sudo umount /home/user/mydata
monte em outro caminho:
sudo mount /dev/sdc1 </mnt/somewhere>
mova os dados que precisar de / home / user / mydata para o caminho temporariamente montado.
Em seguida, exclua os arquivos restantes:
rm -fr /home/user/mydata/*
Verifique se o espaço está liberado e, em seguida, remonte:
sudo mount -a