Parece que você pode não ter o TKinter for Python 3 instalado. Instale o Tkinter executando:
sudo apt install python3-tk
Sou novo em python, tentando executar um programa de GUI Python muito simples apenas para testar recebo o seguinte erro
$ python3 Desktop.py
Traceback (most recent call last):
File "Desktop.py", line 1, in <module>
import tkinter
File "/usr/local/lib/python3.5/tkinter/__init__.py", line 35, in <module>
import _tkinter # If this fails your Python may not be configured for Tk
ImportError: No module named '_tkinter'
Parece que você pode não ter o TKinter for Python 3 instalado. Instale o Tkinter executando:
sudo apt install python3-tk
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