Seu problema não foi causado pelo Ubuntu. Quando você instalou o certificado SSL, você tem apenas uma conexão segura entre o servidor e o navegador do usuário. Esse é apenas o primeiro passo. Agora você tem que fazer o próximo passo - contornar todas as páginas do seu site e mudar o sourcing do protocolo http (inseguro) para o (https) seguro https. Caso contrário, o navegador no lado do usuário "pensa" que ele busca conteúdo inseguro de sites diferentes dos pontos de URL seguro.
Para fazer isso, você precisa atravessar toda a hierarquia de arquivos / diretórios do seu site e alterar cada prefixo http: // com o prefixo https: //. Você tem que dividir esse trabalho em duas partes:
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Nesta rodada você tem que mudar tudo local, isto é, a partir do link para link - todos esses recursos estão em seu domínio e, portanto, você pode verificar se esse conteúdo está presente e o que fazer se não estiver (por exemplo, quando é gerado na hora por algum mecanismo interno ou script).
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Nesta rodada você tem que mudar tudo remotamente, todos os outros prefixos http: // com https: //. Quando você fizer essa etapa, verifique se todos os recursos estão presentes no novo endereço https: //. Você pode fazer isso simplesmente digitando essa nova string no campo URL do navegador e verificar se você recebe um erro 404 ou algo real começa a ser buscado. Você pode realmente ignorar essas verificações com o risco de que alguns elementos não sejam encontrados no novo URL e, portanto, partes do site não funcionem de qualquer maneira. No caso de alguns elementos serem apenas http, você precisará encontrar um novo local em qualquer outro serviço público, use o Google se nada mais ajudar.