Por causa de como EXT4 funciona, eu diria deixar 5-10% livre.
Ao contrário do NTFS, o EXT4 deixa espaço entre os arquivos no disco para que eles não fiquem fragmentados quando se expandem.
Você deve deixar esse espaço extra para que haja espaço suficiente para colocar esse espaçamento entre os arquivos.