Você pode usar -map
para escolher quais fluxos deseja e usar -c copy
para cópia de fluxo (re-mux).
Este exemplo copia os fluxos de vídeo de hd.mkv
e os fluxos de áudio de sd.avi
:
ffmpeg -i hd.mkv -i sd.avi -map 0:v -map 1:a -c copy -shortest output.mkv
Se você quiser compensar uma das entradas, consulte a opção -itsoffset
.