Como o conflito parece surgir da pasta anaconda2, eu emiti os seguintes comandos e parece estar funcionando agora:
mv ~/anaconda2 ~/anaconda2_tmp
curl -sk https://raw.githubusercontent.com/torch/ezinstall/master/install-luajit+torch | PREFIX=~/torch bash
E parece estar funcionando. Mova a pasta anaconda2 de volta depois de terminar.