-R é recursivo, o que significa que ele afetará o diretório pai e todos os subdiretórios e arquivos. Você tem 3 opções aqui realmente.
1.) Basta reinstalar o sistema, o que é bom se você não quiser passar o dia todo imaginando esse problema e não tiver nada do que realmente precisava no sistema.
2.) extraia os dados e, em seguida, reinstale. Se você tiver algo lá que você precisava, tente inicializar em um meio diferente (USB ou disco óptico) e extrair o arquivo dessa maneira e reinstalá-lo.
3.) passar horas tentando descobrir este problema antes de desistir e beber um pacote de 6 e jogar alguns jogos de vídeo. em seguida, reinstale o sistema quando terminar de repensar sua vida.
4.) (talvez) ter muita sorte que alguém fez isso e conseguiu consertá-lo e que eles não estão bêbados ou jogando videogames para que eles postem a resposta neste tópico.
Boa sorte mano