Se você tiver um bom backup, tudo estará seguro.
Existe uma coisa que você deve saber. Sua pasta pessoal tem todo o seu conteúdo "configurado pelo usuário".
Quando você restaurar sua pasta pessoal, se quiser uma instalação "nova", não copie a pasta inteira. Copie apenas o que você precisa. Por exemplo, não copie de volta ~ / .config e copie somente o que você realmente vê usando como ~ / Documents,