Os arquivos de cabeçalho C geralmente são armazenados no diretório /usr/include . Então, por exemplo, o #include <stdio.h> inclui o arquivo de cabeçalho de lá.
Se o seu arquivo não estiver presente, você poderá usar caminhos relativos para especificar o local, por exemplo,
#include "main-header.h"
inclui o arquivo main-header.h do diretório de trabalho atual.
A propósito, se você instalar o pacote libnux-4.0-dev , ele deverá instalar os cabeçalhos em /usr/include e também incluirá os binários, que serão necessários para vincular.