quando você abre o arquivo icy.sh, você pode ver
java -jar updater.jar
Então você pode apenas modificar (leafpad, gedit ou qualquer outro editor de texto) o seu arquivo icy.desktop para:
[Desktop Entry]
Name=ICY
Exec=java -jar '/your/path/to/file/updater.jar'
Icon=your/path/to/icon
Terminal=false
Type=Application
Com o icy.sh definido como executável e com o atalho criado como:
Exec=/your/path/to/file/icy.sh
não funcionou, como no seu caso ... isso é uma solução que eu usaria