O que você precisa é de um único comando: rsync
Para fazer a cópia do primeiro punho, faça o seguinte:
cd path/to/local/directory
rsync --verbose --recursive --progress /path/to/cloud
Sempre que você se desconectar ou quiser atualizar, faça o seguinte:
cd path/to/local/directory
rsync --verbose --recursive --progress --update /path/to/cloud
Para mais sinos e assobios: página de manual aqui .