Se você quiser mantê-lo completamente separado, desconecte as duas unidades do Windows durante a instalação do Ubuntu. Dessa forma, o grub será instalado no MBR do drive do ubuntu e os outros dois não serão tocados.
Não, nada no MOBO será alterado.
Além disso, na maioria das vezes, você pode inserir as configurações de inicialização durante a inicialização e haverá uma escolha de discos rígidos para que você possa escolher a unidade ubuntu durante a inicialização normal a partir daí após a instalação.