Existem algumas maneiras diferentes de fazer isso. Se você estiver familiarizado com o uso do terminal, recomendo cd no diretório em que seu segundo disco rígido está localizado. Você pode entrar em mkdir [NAME IT WHATEVER YOU WANT] para criar o diretório (diretório significa a mesma coisa que uma pasta).
Se você não estiver familiarizado com o terminal, você pode usar o nautilus (gerenciador de arquivos padrão do Ubuntu) para criar uma nova pasta. Para abrir o nautilus, pressione a tecla super (geralmente a tecla do windows) e comece a digitar nautilus. Em seguida, navegue até seu segundo disco rígido, clique com o botão direito do mouse e selecione Criar novo > Pasta.