Se você estiver no último log do Owncloud, clique no seu nome de usuário no canto superior direito e depois em "Admin". Se você rolar para baixo, verá "Manipulação de arquivos" e poderá alterar o tamanho máximo de upload.
Se esta caixa estiver esmaecida, use ssh no seu servidor web (ou abra um terminal em qualquer sistema que esteja executando o servidor web) e digite:
sudo chown -R www-data:www-data /var/www/owncloud
Em seguida, repita os passos acima e encontre o 'File Handling', agora você pode alterar o tamanho máximo de upload.