De acordo com esta fonte , o Gmail usa uma implementação especial do IMAP. Nesta implementação, os marcadores do Gmail se tornam pastas do Thunderbird. Quando você aplica um marcador a uma mensagem no Gmail, o Thunderbird cria uma pasta com o mesmo nome do marcador e armazena a mensagem nessa pasta. Da mesma forma, se você mover uma mensagem para uma pasta no Thunderbird, o Gmail criará uma etiqueta com o nome da pasta e a atribuirá à mensagem.
Você deve mudar para o IMAP se estiver usando o POP3 e, em "Configurações do servidor" para a conta do GMail, selecionar "Avançado ..." e desmarcar a opção "Mostrar apenas pastas inscritas".