Sim , o Ubuntu pode usar múltiplos núcleos, e faz isso muito bem. Na verdade, a maioria dos supercomputadores executa o Linux e eles têm toneladas de processadores.
Embora isso seja verdade, também depende do software fazer uso apropriado de vários núcleos. Nem todo software pode fazer multi-threading, neste caso, tal software usaria apenas um núcleo.
Para responder à sua pergunta, a maioria dos softwares que você usará não exige muito da CPU; portanto, eles não ofereceriam suporte para multi-threading ou nunca o usariam. Portanto, é melhor usar um processador mais rápido do que um com vários núcleos. Ainda assim, você pode querer pelo menos dual core, apenas no caso de precisar.