Eu acho que isso é um bug. Isso só acontece (pelo menos para mim) quando o Nautilus está visualizando arquivos em uma unidade separada (como uma unidade externa ou um cartão de memória).
Existe uma solução até que isso seja corrigido. Tudo o que você precisa fazer é simplesmente passar o mouse sobre o ícone "Arquivos" no lançador e rolar para cima ou para baixo. Se você tiver mais de uma janela aberta, ela rolará entre elas. Isso, eu acho, é muito mais rápido do que usar Alt + Tab .